1967年1月召开的中共中央军会议和2月在怀仁堂召开的政治局碰头会上，“三老四帅”不顾个人安危，挺身而出，在三个重大原则问题上和“四人帮”展开了面对面的斗争。叶剑英在会上与林彪、江青一伙极力搞乱军队的胡作非为，愤慨到拍桌子导致左手小指骨折，最后，江青、姚文元向毛泽东隐瞒真相，致使把老帅们的斗争定为“二月逆流”，“三老四帅”唯有叶剑英没有受到批斗，毛泽东对叶剑英不仅手下留情，还把军权交给他的内幕却鲜为人知。
当然，要说清其中内幕，还得从头说起。
1928年冬，叶剑英赴苏联共产主义劳动大学特别班学习，1930年下半年回国，1931年初到达中央苏区。叶剑英到来的前后，第二次反围剿战役即将打响，毛泽东建议诱敌深入，因为毛泽东这时的位置已经有所变化，所以，就开始有人反对。叶剑英虽然初来乍到，但是，竟义无返顾的支持毛泽东，叶剑英当时的职务是中央军委总参谋部部长。会后，毛泽东专门见了叶剑英，高兴地说：“早闻大名，不愧是粤军名将，你居然连项英同志都敢顶撞！”
叶剑英在国共内战期间曾多次救护毛泽东。例如1935年3月，中央军委在三军团开会时敌军飞机轰炸，要不是叶剑英拉住毛泽东，很可能毛泽东当时就完了。
1935年，在右路军的时候，四方面军目无中央，打来的战利品直接交给四方面军供给部而不分给毛泽东他们，叶剑英知道以后，就把30军军长程世才找来，让他单独把一些胜利品分给毛泽东。毛泽东知道以后夸奖叶剑英：“组织纪律性强。”叶剑英对毛泽东的起居也很用心。
1937年3月21日在延安召开中央政治局扩大会议批判张国焘时，毛泽东说：“张国焘一到毛儿盖就反了，他就在这里大开其督军会议，用枪杆子审查中央的路线，剑英立了一大功劳，我们便不得不北上了，否则一定要打起来，因为电报上说‘南下，彻底开展党内斗争’。”1953年、1961年、967年、1971年，毛泽东再度提及此事，多次肯定了叶剑英的功勋
1948年12月，共和国建立前夕，毛泽东任命叶剑英为北平市长，负责这座古老城市的全面接管工作。由此可见，毛泽东对叶剑英的信任。1949年初，任北平市军事管制委员会主任兼市长的叶剑英和聂荣臻、彭真一起，促成了北平和平解放，领导了对旧军队的改编和对旧北平市政府、学校、厂矿等各方面的接管工作，致力于北平的市政建设，维护社会安定，恢复发展生产，改善文化教育，为首都的建设和发展奠定了基础。
北平和平解放后，叶剑英任北平市军事管制委员会主任兼市长。
薄一波在谈到叶剑英一生中两件最大的贡献时说：“一件是长征途中获悉了张国焘要陈昌浩南下的电报，及时报告毛主席，保证了中央和中央红军按原定方向北上。记得五十年代末或六十年代初，毛主席指定我把北戴河会议上的发言，修改后在中央工作会议上再讲一次，当我讲到旧戏中王佐断臂‘为国家尽忠心，昼夜奔忙’时，几位同志插话，毛主席突然站起来讲：‘剑英我送你一句话，诸葛一生唯谨慎，吕端大事不糊涂。吕端大事不糊涂，剑英足以当之。’”
1967年2月前后，中共中央军委会议和在怀仁堂召开的两次政治局碰头会上，谭震林、陈毅、叶剑英、李富春、李先念、徐向前、聂荣臻等在会议上，对“文化大革命”的错误做法强烈不满，提出了三个重大原则问题同林彪、康生、陈伯达、江青、张春桥、谢富治等人进行了坚决的斗争。出于对林彪、江青等人胡作非为的愤慨，叶剑英在会上拍了桌子，导致左手小指骨折。这场斗争最后被江青、姚文元向毛泽东隐瞒真相，把老帅们的行为称作“二月逆流”，也称“三老四帅”(陈毅、叶剑英、徐向前、聂荣臻是元帅；李富春、李先念、谭震林是国务院副总理，称“三老”)“大闹怀仁堂”。
在文革中，“三老四帅”除叶剑英，个个都受到批判斗争，像刘少奇、罗瑞卿等人都被“四人帮”迫害致死致残，结束他们的政治生命。叶剑英尽管会遭到“四人帮”的批判，可是毛泽东总是在关键的时候会说话，不让“四人帮”彻底打倒他，更不准侮辱他的人格，危及他的生命。
文革期间，毛泽东开始让自己信任的叶剑英重新主持军队工作，并协助周恩来代表中国进行重大外交活动。在1971年接待基辛格的预热后，叶剑英陪同周恩来于1972年接待了美国总统尼克松。中国从此改变了外交格局，为日后打开国门做好了准备，毛泽东认为叶剑英这个人靠得住，没有野心。
毛泽东在1976年2月2日中央一号文件上除了打到邓小平以外，就是剥夺了叶剑英的军权，改由陈锡联主持军委日常工作。叶剑英在后期基本是和邓小平站到了一处。这是毛泽东最大的隐忧，他不希望他留下的政治天平有失均衡，毅然换掉了叶剑英。
1976年9月9日，毛泽东病危前夕，已经说不出话的他，把政治局的重要成员都召集到了病床前。毛泽东还有点意识的时候，当叶剑英从那里走过的时候，毛泽东眼睛就睁大了，轻轻把手抬一抬就是招手，意思就是要把叶剑英叫过来。叶剑英把耳朵贴到毛泽东嘴边，毛泽东说什么也听不清了，那时候毛泽东神志已经不是很清醒了。
1976年，周恩来、朱德、毛泽东相继逝世，江青反革命集团加紧进行篡夺党和国家最高领导权的阴谋活动。10月，在党和国家面临危险的紧急时刻，叶剑英和党中央政治局其他同志一道，根据政治局多数同志的意见，代表党和人民的意志，毅然粉碎了江青反革命集团，从危难中挽救了党。在这场关系着党和国家命运的斗争中，叶剑英起了决定性的作用。
1979年1月，叶剑英主持全国人大常委会通过发表了《告台湾同胞书》，指出“实现中国的统一，是人心所向，大势所趋”，并提出在海峡两岸“发展贸易，互通有无，进行经济交流”和“双方尽快实现通航通邮”的方针。
1986年10月22日叶剑英因病在北京逝世，享年89岁。