ISA Server 2006 的安装过程和 ISA Server 2004 一致，和 ISA Server 2004 相比，ISA Server 2006 在以下方面进行了增强： 

1、针对应用发布的保护 
在ISA Server 2006中，新增了SharePoint站点的发布功能， 

并对原有发布功能进行了改进，例如针对Exchange Web客户访问的发布进行了较大修改，支持各种版本的Exchange服务器； 
在发布Web服务时，ISA Server 2006 支持通过服务器场的方式进行发布，从而可以实现一种简单的负载平衡和容错功能。 

针对Web服务发布，除了过去 ISA Server 2004 所支持的身份验证方式外，ISA Server 2006 还增加了对Ldap身份验证方式的支持； 

和 ISA Server 2004 只支持基于基本身份验证的身份验证委派相比，ISA Server 2006 支持更多的身份验证委派方式。 
另外，ISA Server 2006 还支持自定义客户端显示的登录表单； 
支持基于相同Web侦听器、相同域名后缀的单点登录（Single Sign-On）； 
以及在做安全Web服务发布时，支持在不同的IP地址上绑定不同的服务器证书；